論文の形がこんなんだったらいいのにな。
剽窃とか問題になってたけど、
思ったことをメモ。
Background
既存の研究とかその分野の今までの知見のまとめとか書いてそれを背景に私の問題意識はこれこれです。ッて感じだから、既存の論文のリンク集と問題設定を書きます
Material&Method
どんな環境でやったかは独自のものだったら記述。既存の系とかデータセットを利用したなら引用リンク。解析手法は引用リンク。独自のものは記述。倫理委員会や臨床研究の部分はリンク。
Result
- 匿名化したデータ・セット
- 主要統計量のテーブル
- 解析ソフトのスクリプト
- 解析結果のテーブル
を公開
Discussion
丁寧に記述します。
Conclusion
丁寧に記述します。
こんな感じだったら、研究のネットワークとかいろいろコストが下がると思うんだけどどうだろう。
今の時代の大学の価値
こんなのを見かけたから。
少子化なのに、大学の学費が下がらないのは需要と供給で価格が決まるって市場の原理からしたらおかしいんじゃないのって思ったりして考えたことをダラダラと。
高校生における進学したいって人の割合が増えてたりすれば、需給が変化してないって可能性もあるなと思ってセンター試験の受験者数をみてみたらピークよりは下がってるっぽいけど、割合としては増えてるっぽいかもって感じ。
国家試験の受験資格が得られる学部とかはまあ直接的に価値があるのは理解可能だからおいておくことにしよう。
情報の価値ってのは時間がたつと下がっていくものだと理解してしてて、
インターネットが発達したことによって、今まで大学に行かないと得られなかった知識のなかに大学行かなくても得られる部分が増えてきている気がする。価値がどれほどあるかは別として、実験とか実習とか環境を要求する部分はインターネットではまだ代替できないような気がするけど。
実際にそういう環境に近いところにいたことがないからあんまりよくわかんないけど、
大学のランク？みたいなのによっては就職にも。。。みたいな大学もあるらしい。
そうだとするとそういう大学への入学を目指す人は何を得たいんだろう。やっぱり大学卒ってのはそれほど価値があるんだろうか？
オンラインとはちょっと違うけど、
こんなニュースを見たのも思考に影響してるかな。
行けば投資した額より収入が増えそうってコースを受講するのは合理的な気がする。
高卒と大卒の年収の差ってのをよく調べてないからわかんないけど、非正規雇用が増えて昔より縮まってるんじゃないのかな？
"どっかのエキスパートが必要なスキルセットをオンラインで学ぶことができるページへのリンクをまとめてくれました"
みたいな道標とかを探して、それにしたがって勉強するとかのほうが、お金も時間効率もいいような気がするんだよね。
Sydney でSIM を買ってみた
Ingressの Sojourner のためってのが半分と、 海外でSIM Freeをつかってみたいってのが半分で、 シドニーでSIMを買ってみることにしました。
SoftbankのiPhone6Sはまだシムロック解除できないので、 コスパがいいとされている ASUS ZenFone 2 Laser をもって いざシドニーへ。
空港のOptus Store にいってみると朝6時からあいてるみたいで、 旅行客が行列してたので並びます。 並んでいる間に言語設定を英語にしておきました。 店員さんにZenFoneをみせて SIM がほしいんだよって言うと パスポートの提示とオーストラリア内での宿泊先を聞かれます。 問題なければ、SIMをもらえます。 画面を英語にしておいたので 店員さんがSIMの設定とネットワークの確認までしてくれました。
僕は 2AUD/day のプランにしたので、5日分で10AUDをクレジットカードで支払って 契約終了。
無事Hackできました。 Tetheringも出来て快適でございました。
シドニーはほとんどどこでもクレジットカードがつかえて、200AUD準備したけど、20AUDくらいしか使わなかったよ。 キャッシュはあんまり持って行かなくてもいいみたいだね
pyenv と IRkernel のメモ
jupyter で Rを使えるように前はできたなと思ったけど、
クリーンインストールしたらはまったのでメモ
Installing an R kernel for IPython/jupyter notebook 3 on OSX —
このページに書いてあることにしたがって、 順調にインストールしてたんだけど、
> IRkernel::installspec() IRkernel::installspec() でエラー: Jupyter or IPython 3.0 has to be installed but could neither run “jupyter” nor “ipython”, “ipython2” or “ipython3”. (Note that “ipython2” is just IPython for Python 2, but still may be IPython 3.0)
こんなエラーがでてうまくいかない。
なんだったかなってしばらく悩んで解決した
(Rから pyenvにパスが通っていなかった)
library(devtools)
get_path()
add_path("~/.pyenv/shims", after = 0)
get_path()
IRkernel::installspec()
ってPATHが通ったことを確認してからやったら
無事動くようになりましたとさ
20160720 追記
最近のIRkernelのインストールはこっちの方法らしい
OS X El Capitan をクリーンインストールした後の初期設定_20151031
1 SafariからGoogle Chromeをインストール
Homebrew経由のChromeは 1Passwordがうまくいかないと警告が出る
The Mac App Store version of 1Password won't work with a Homebrew-Cask-linked Google Chrome. To bypass this limitation, you need to either:
Move Google Chrome to your /Applications directory (the app itself, not a symlink). Install 1Password from outside the Mac App Store (licenses should transfer automatically, but you should contact AgileBits about it).
2
設定ファイルとかを作成 Finderはフルパス表示に
mkdir ~/Setting touch .bash_profile touch .bashrc defaults write com.apple.finder _FXShowPosixPathInTitle -boolean true killall Finder
3 Homebrew と brewfile
ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)" brew install rcmdnk/file/brew-file brew install git
.bash_profileに記載 (pyenvのPATHも通しておく)
export HOMEBREW_CASK_OPTS="--appdir=/Applications" # 環境変数の設定 export PATH=/usr/local/bin:$PATH export PATH="$HOME/.pyenv/shims:$PATH"
.bashrc
if [ -f $(brew --prefix)/etc/brew-wrap ];then source $(brew --prefix)/etc/brew-wrap fi
4 git の初期設定
gitの初期設定と鍵の設定
Set Up Git - User Documentation
上の二つのリンクに従って全部行なう（コマンド省略)
5 brewfileでアプリを復元
gitレポジトリの内容からインストールしていく
brew file set_repo -r cipron81/Brewfile brew file update
5-2 AppStoreのアプリをインストール
(2015/10/30の時点ではbrewfileでインストールできなかったから)
6 インストールしたアプリの初期設定
Google日本語入力の設定
Dropboxの設定
Alfredの設定
Atomの設定
1Passwordの設定 ...
7 pyenv の設定とjupyter
MacでPython3系ベースの機械学習環境設定（Python2系との共存） - Qiita
Installing Jupyter Notebook — Jupyter Documentation 4.1.1 alpha documentation
anacondaの最新版を入れる
pyenv install -l pyenv install anaconda3-2.3.0 pyenv rehash #Terminalの再起動 pyenv versions pyenv global anaconda3-2.3.0 pyenv versions conda update conda conda install jupyter
8 Rの初期設定
GUIとjupyterで使えるようにする
R for Mac OS X - developer's page
ここからバージョンのあう Mac OS X GUI rev. **** をダウンロードする /Applications にコピペ
sudo ln -s "/usr/local/opt/r/R.framework" /Library/Frameworks
でリンクしてRのGUIが起動できるか確認する
Rでもとの環境のライブラリをインストール
l <- read.csv("~/Dropbox/path/plist.csv" , header = TRUE)
names(l)
install.packages(l$Package)
update.packages(ask=F)
jupyterでRを使えるようにするのは ちょっとつまづいて
pyenv と IRkernel のメモ - cipron81’s Note
9 Office 2016 for Mac のインストール
Microsoft Office - 家庭やビジネスで活用できるソフトウェア
ダウンロードしてインストールする
10 Terminalの色付け
ターミナルに奇麗な色をSolarizedで付ける（一般的な方法） | joppot
ここにしたがって設定
11 Dropboxの同期が済んだら
ドットインストールでAtomの使い方を見た時のメモ
ドットインストール で Atom入門 を見た時のメモ ほとんど目次
atom の使い方
01 Atomとは何か？
ショートカットとかはなし
02 画面の見方を覚えよう
tabの右上に青○があると未保存
cmd+O でopen 左側にtree view tree view で簡単なファイル操作も可能
cmd+バックスラッシュ : tree viewの表示非表示は cmd + 0 : activeが tree view と 入力部分を動く
03 コマンドパレットを使ってみよう
Command+Shift+p : コマンドパレット
04 言語別の設定を見てみよう
スニペットの話
05 ファイルを検索してみよう
（Command+t）ファイル検索 （Command+b）開いているタブから検索
06 文字列の検索・置換をしてみよう
文字列の検索・置換（Command+f） パネルを消すなら (esc) 次の検索結果へ（Command+g/Command+Shift+g） 全体からの検索・置換（Command+Shift+f） シンボルの検索（Command+r）
07 ファイル内で移動してみよう
対応する括弧への移動（Control+m） 複数の行にまたがるかっこは 左の行番号の下の折りたたみマークでたためる
括弧内の選択（Control+Command+m） 指定行への移動（Control+g） ブックマーク設定 (Command+ F2) ブックマークの移動 （F2） ブックラークの一覧 （Control+F2）
08 マルチカーソルを使ってみよう
マルチカーソル (Commandをおしながらクリックで設定) マルチカーソル解除 (esc) 同じ単語の選択・選択解除・スキップ（Command+d/Command+u/Command+k） すべての単語の選択（Control+Command+g）
09 行単位で編集をしてみよう
現在の行を移動（Command+Ctrl+上下） 現在の行を選択（Command+l） 現在の行を削除（Control+Shift+k） 現在の行を複製（Command+Shift+d） 現在の行をインデント（Command+[/]） 次の行に挿入（Command+Enter） 前の行に挿入（Command+Shift+Enter）
10 パネルを分割してみよう
パネルの分割（Command+k 矢印） パネル間の移動（Command+k Command+矢印） パネルを閉じる（Command+w）
11 パッケージを導入してみよう
"Autocomplete-Plus"
"File-Icons"
12 Markdown文書をプレビューしてみよう
Markdown文書のプレビュー（Control+Shift+m） Japanese Wrapの導入
13
Shell Commandsのインストール atomコマンド apmコマンド atom-color-highlightの導入
医療とビッグデータのメモ
医療とビッグデータ に関する 基本的な情報がのってるページのリンクとか
まず Googleトレンド で "医療 ビッグデータ", "ビッグデータ", "Healthcare Bigdata", "Bigdata" を検索して 英語での情報の量と日本語での情報の量の差を認識しよう
ついでにGoogle で "Healthcare Bigdata news" でも検索してどんな流れになってるかも確認しよう
Big data で求められていること
Big data って何 ?
tutorial Big Data Analytics for Healthcare
海外のヘルスケア関連DBの例
日本のレセプト情報の現状
Twitterを使った例
ちょっと話題はかわるけど 電子カルテって使いにくいよね
Data Scientist の Skillset
